由于叶柯采用扶植宗室、寒门及贫民，极力压制世家大族的政策，导致各大世家相继作乱。
洪武五年，叶柯灭弘农杨氏。
洪武七年，叶柯屠赵郡李氏。
洪武八年，叶柯又将博陵崔氏灭族。
洪武九年，司马懿勾结三个世家，一同发动兵变，意图诛杀叶柯。
叶柯早有准备，反戈一击，将河东司马氏灭族，其余参与作乱的世家，全部灭族。
在此期间，叶柯一方面鼓励生育，将世家土地分给平民，一方面鼓励工商、推广教育。
随着商品经济的发展，国内太平，政策有力，到洪武十五年，全国人口已达到七千万，国力处于鼎盛时期。
他改革吏治，设三省六部制度，考察制和科举制并行，开始推行义务军制度，并规定，皇族子弟必须从军六年以上，才有资格享受皇族待遇。
叶柯开始北伐西征，什么鲜卑匈奴、氐族乌丸，凡是高过车轮者的男子全部杀光，女子分配给汉民，并占据肥美土地，迁移汉民，发展定居农耕渔猎。
此后二十年，他东灭三韩、东瀛邪马台，南破占婆、真腊等国，后一路向西，攻灭贵霜，击败萨珊帝国。
洪武二十五年，公元247年，叶柯杀人已至九百万，遂传位太子曹昭，退位避世。史称魏圣祖。
而众人亲眼见证之下，叶柯在一片华光之中消失，人以为他已成神，踏入仙境。