朱由校用杀言官的手段来威胁方从哲等人就范，除了维护威信外，更重要的是二人是皇权的拥护者。
神庙之所以让方从哲独支内阁，就是因为他听打整，能提他背黑锅；而孙如游入阁之后就上《朝条十事》，分别为保圣躬、勤圣学、揽主权、时召对、肃纪纲、挽世风、惜老成、延言路、饬边备、苏民困，其中揽主权一项，正中朱由校下怀。
虽然朱由校没有如同原来历史一样用魏进忠批阅奏章，每有批复俱出亲裁，但左光斗、刑科给事中魏应嘉、江西道试御史潘士良等认为‘未票先传、既票中易’有违祖制，‘中旨频宣’使‘票拟之权旁落’，应‘尽罢中旨’‘还票拟之职于阁臣’，达到‘重票拟以尊主权’目的。
‘重票拟以尊主权’无疑是想把皇帝作为神衹供奉起来，由内阁用票拟行使决策权，皇帝御批不能改变票拟内容，如有异议可发还重拟，不得以擅自改变。
如此，皇帝御批和内阁票拟的主次就不言自明了，朱由校既能看出揽主权与尊主权的一字之差，实质的权力归宿却天壤之别，就绝不会答应。
内阁制度发展到现在，阁臣渐渐将决策权把持在手中，地位等同于宰相，已经可以压制六部。在一定程度上，可避免皇帝的劳累和决策失误，有后世君宪制的意思。
平心而论，这种集体决策应该视为民主进步。但有民主必然会有不同政见，进而形成各种政治势力，在如今这种内忧外患的情况下，无疑会像原来的历史一样使朝臣陷于站队、相互攻讦、加重内耗的泥潭，反而没有集权来的高效。
朱由校要集权，但没有要解散内阁的意思，毕竟他的能力、精力都是有限的，只得仿效太祖建立内阁制的初衷：让内阁只有议政的权力，将决策权紧紧抓在手中，行政权归六部。
韩爌、刘一燝是新入阁，虽亲近东林，但还算恪守本分。朱由校留下他们，一为制衡，二为兼听则明，为的就是防止一党独大，并让内阁良性竞争。
……
朱由校看了看沉默不语的方从哲、孙如游后，板着脸走到杨涟面前，抬头看着这个四十出头的中年人，问道，“知朕为何让你伴驾到此吗？”
杨涟不敢和天子对视，下跪道，“皇上，臣蒙受先帝三十余日之深恩，如今梓宫在殡，陵园未建，此时求去有负先皇所托，请皇上降罪。”
朱由校登极之后便升杨涟为兵科都给事中（正七品，为兵科长官），对其信任有加。后来，杨涟因朝野怀疑，上疏《移宫始末》，经《京报》、邸报皆刊示曲直，朝野不再议论宫闱。
朱由校身为移宫的亲历者，在杨涟上《始末》之后自然要表彰他，称其‘忠直可嘉，志安社稷’，朝野却说杨涟此举居功邀宠，让他百口莫辩。
左光斗在来时，一路劝解杨涟留任，闻言也下跪道，“皇上，臣同魏应嘉、方孝孺都等皆以为移宫之事，杨涟功在社稷，从无居功之心，乞皇上慰留以光言路。”
杨涟不理会左光斗，叩头道，“臣主移宫实因有选侍欲垂帘之密谋，继离出震之时，诸臣共有防微虑隐之意，臣不过从诸臣后，竭蹷号呼相应和而已。且皇上登极名正言顺，臣岂敢贪天为力。近日舆论皆因臣起，心有不安，唯有决去以仰报皇上深恩。”
朱由校皱眉道，“移宫之事，文武大小臣工所共见，朕亦已屡谕明白，各官争辩俱已有旨，是非自见，你烦言求去，使朕孤立于上，岂是忠爱？”
“皇上……”杨涟抬头见天子面色不愉，没有再继续。
朱由校本想大骂杨涟，想到年龄差距和君臣之别，不由悻悻作罢，转身左手抱胸，右手摸着自己光滑的下巴，边踱步边思考如何处置。
经过反复思考，朱由校觉得见杨涟放在京师只会让朝臣相互攻讦，不若外放。之前的几项政令也需要有人去查看落实情况，便再次走到杨涟面前，“裁撤宝泉局、外包驿站、收书院入官等事，可有疑义？”
杨涟不知道天子用意，老实回答道，“臣一知半解，但知皇上用意深远，并无疑虑。”
朱由校寻思杨涟是被舆lùn_gōng击的心灰意冷，连东林讲学都愿回护，微微一笑，“那就慢慢领会吧，杨涟听旨。”
“臣在。”
“转兵科都给事中杨涟为监察御史，代朕巡行天下，纠察政令施行利病。”
“皇上……”杨涟霎时便想通了，这是让自己外出避风头，心中霎时五味杂陈，突然感觉被人拽住衣袖，一看正是左光斗在提醒自己，忙叩头到，“臣，领旨。”
“你代朕到各地走走，督促朕旨意得到切实执行，凡遇才不堪用、疏玩怠政、偷梁换柱、阳奉阴违者，密折参劾，朕必严惩，宁枉勿纵。”
“臣遵旨。”
左光斗为杨涟感到高兴，也跟着叩道，“吾皇圣明。”
“左御史，你与阁臣同为臣子，不同心济事，竟背公植党，疑诋辅臣，致伤国体？”
“如游去则天下晓然，知不得以私意用一人，不得不以公议去一人，伟端不启，公道不昭，请皇上三思。”
“放肆，累朝列圣简置阁员，俱凭宸断，当时政务修明，直谏不乏，亦曾有如此抗阻否？何来私用之说？尔等以‘公义’要挟朕，还欲效仿李如柏之事？”
“臣不敢。”
“辅臣乃朕首简，实嘉清慎，特用眷酬，勿再以此渎扰。”朱由校不想与他