从六月份中上旬开始，南京战场上的日军开始逐步地撤兵。表面上，日军是因为“南京地区突然间爆发大规模传染性疫病，皇军为避免疫病在军中传播弥漫而不得不暂时性后撤”，实际原因就是日军打不下去了，完全无心再战。日军完全地被南京军打怕了。十七万人死亡、十二万人受伤的惨重代价让日本军部彻底胆寒了，基本上打消了攻占南京的意图。裕仁天皇接到报告后也是又惊又怒又哀叹不已：“明治先皇创军五十年来，皇军攻伐征战、所向披靡，未曾料到，传承至朕手中，竟遭如此之奇耻大败！朕愧对先皇啊！朕有何颜面见先皇神灵啊！”
对于撤兵行为，日军高层遮遮掩掩地宣称：“...帝国皇军在南京战场上势如破竹，歼敌无数，已成功攻入南京城内，待扫清城内万余支那军残兵即可完全占领南京，然天不遂人愿，南京地区因被皇军消灭支那兵之尸骸数量极多，城内城外皆堆积如山，加之天气转暖、春夏湿热，导致南京地区疫病大生，皇军数千将兵不幸感染疫菌，为免意外损失及顾支那之天和，皇军暂且后撤以避南京疫情，南京局势目前仍在皇军完全掌控之中，待疫情消散且时机成熟，皇军必将重战南京，一举拿下支那之国都，以达战前原先所定之膺惩支那国民政府之目标。”
除此之外，日军高层又一本正经地宣布：“帝国皇军在南京战场上累计战死及伤重不治而亡者共计两万六千五百二十八人，感染疫病而殉难者共计四千五百九十七人，战伤者及染病者总计五万五千七百余人；击毙支那军超过十二万五千人，击伤支那军超过十七万八千人，俘虏支那军六千四百四十人，击落支那军飞机六百三十八架，击毁支那军战车五百二十五辆，击毁支那军火炮四百七十二门，其余战果及缴获之战利品不计其数。等等。”日军还宣传“支那政府为保护其国都，因此将支那军精锐尽皆调集与南京，同时将外购飞机、战车、火炮等军械也基本都用于南京战场，因此皇军陷入苦战，加之突发疫情之干扰，导致皇军攻略暂且功败垂成，然皇军在支那境内其它战场上依旧犁庭扫穴、摧朽拉枯，由此可佐证以上之观点。”
根据日本人的“统计”，日军在南京战场上累计死伤了约9万人，并且其中很大一部分还是疫病造成的，中国军队则在南京战场上死伤超过30万人。显然，对于日本人这种近乎睁眼说瞎话的自吹自擂，除了骗骗日本国内的基层老百姓外，包括日本高层自己在内的国际各方肯定都没有当真。实际上，日军在南京战场上累计死伤病约29万人，死亡者约17万人，但这个数据被日本人大大缩水了，至于南京军这边，南京军累计死伤病约10万人，死亡者约6万人，南京军此时还有2万余精锐老兵以及3万余民兵可以继续作战，已是油尽灯枯（注意：日军的死伤病数字不包括苏北、浙北等南京外延战场；南京军的死伤病数字同样不包括苏北、浙北等南京外延战场，并且不包括平民在南京战场上的死伤病数字。）。
日军付出了死伤病二十九万人、死亡十七万人的惨重代价，只是拿下了南京城外部阵地以及进入南京城内部分地区，很显然，这绝不是什么胜仗，但素来死要面子活受罪的日本人是不可能公开承认失败的。华中方面军总司令官畑俊六中将多次向军部和裕仁天皇请求“愿意接受撤职查办及军事审判，以惩下官指挥不力之责”，结果，畑俊六中将不但没有被撤职，仍是华中方面军总司令官，甚至还被晋升为陆军大将，以此表彰他“在南京之战中苦心指挥、力挽狂澜的卓越贡献”（畑俊六在原先历史上于月被晋升为大将，眼下已经有些延迟了，并且晋升背景也截然不同了）。客观上讲，畑俊六中将在南京之战中的表现还算是可圈可点，虽然他未能阻止日军继续损兵折将，但确实没有出太大的纰漏。毋庸置疑，东京大本营在畑俊六中将明明没打胜仗的情况下还让他继续当华中方面军司令官并将其晋升为大将，只是一种遮羞布式的掩饰，毕竟日军高层吹嘘日军在南京战场上取得险些全胜的胜利，若不是突发疫情就已经占领南京了，自然而然，“大大有功”的畑俊六中将是要升官进爵的。
获悉自己被晋升为陆军大将后，畑俊六中将/大将苦涩无比地道：“这个晋升要比把我降为少将还让我感到无地自容和羞愧难安。”
畑俊六大将此后在日本对华战略上彻底转变为了“和华派”（日本高层内新出现的一个派系，主张在德国的调停下，跟中国停战并与中国结盟）。在原先历史上，畑俊六大将虽然不反对侵华（在日军高层内，海军主张日本假想敌的顺序是美、苏、中，陆军虽然勉强表示同意，但陆军仍把中国列为第一假想敌或者说是第一吞并目标），但他反对跟中国死磕到底，他认为日军在武汉会战前甚至在徐州会战前就应该见好就收，继续深入、继续开战会让日本陷入巨大危险中。眼下，畑俊六大将因为受到中日战争新态势的影响，更加不支持侵略中国，改为支持日本跟中国结盟。
值得一提的是，前任华中方面军总司令官松井石根大将此时也是坚定的“和华派”分子。松井大将素来是一个“大亚细亚主义者”，强烈主张“东方团结起来对付西方，黄种人团结起来对付白种人”，他支持日本侵华，目的是通过武力强迫中国成为日