尽管日本还在自欺欺人地宣称“南京局势目前仍在皇军完全掌控之中，待疫情消散且时机成熟，皇军必将重战南京，一举拿下支那之国都”，但已经开始打退堂鼓并且付诸行动了。根据日军参谋本部的最新命令，中国战场上的日军进行全面的调整，消除先前番号编制上的混乱和重叠。日军华中方面军原本下辖6个军，撤销3个，取消第6、第7、第8军的编制，只保留第3、第4、第5军，方面军原先共有25个师团（大部分都被抽调走了少者一个加强联队多者一个旅团的部队）、2个混成旅团（台湾军）、2个重炮旅团，根据命令，方面军接下来只保留11个师团、2个混成旅团（台湾军）、2个重炮旅团，其余部队里大部分回国休整（其实是裁撤，因为日本实在维持不了这么多军队进行战争了），一部分调往华北战场。
经过整顿，日军华中方面军战斗序列如下：
总司令官畑俊六大将，参谋长石原莞尔中将，副参谋长冢田攻少将；
第3军，司令官柳川平助中将，下辖第11、第12师团；
第4军，司令官冈村宁次中将，下辖第3、第13师团；
第5军，司令官朝香宫鸠彦王中将，下辖第2、第6师团；
方面军直属部队：第2、第6野战重炮兵旅团，第27、第28、第29师团（这三个师团都是韩籍日军），第1、第2混成旅团（这两个旅团都是台籍日军），第9、第18师团等部。
至于日军的华北方面军，也进行了一定的整顿，新的战斗序列如下：
总司令官寺内寿一大将，参谋长河边正三少将，副参谋长武藤章大佐；
第1军，司令官香月清司中将，下辖第7、第17师团；
第2军，司令官西尾寿造中将，下辖第10、第14师团；
第9军（新建），司令官尾高龟藏中将，下辖第5、第15师团
方面军直属部队：第20师团、第5野战重炮兵旅团等部。
总体而言，日军原先的那21个老牌师团里（除了已经被全歼的第16师团），近卫师团、第1师团在其国内，第19师团在朝鲜半岛，第4、第8师团在中国东北，其余的15个都在参加对华作战。战时裁军，看似不合常理，实际上是日军无可奈何的对策，因为日军在过去十一个月侵华战争里耗资极其巨大，虽然建得起百万大军，但用不起百万大军（军队作战时消耗远远超过和平时），所以日军不得不走“战时精兵路线”，采取的新对华战争策略是“战术上进攻，战略上防御”。此时，日军高层内基本上已经没有人还会鼓吹或相信“可以速战速决地征服中国”，日军高层在眼下的对华战略思想大致上分为三种：
第一，巩固已有占领区，逐步实现“以战养战”，跟中国耗下去，耗死中国；
第二，巩固已有占领区，逐步实现“以战养战”，用一二年或二三年时间慢慢恢复元气并积攒实力，再对中国发动大规模的、全面的、战略性的进攻；
第三，巩固已有占领区，逐步实现“以战养战”，拖下去，接下来或政治诱降中国政府，或军事迫降中国政府，或在德国的外交斡旋下并让日本获得足够利益地跟中国进行停战。
第一个思想的宗旨是“耗”，第二个思想的宗旨是“战”，第三个思想的宗旨则是“谈”。但不管是哪一个，前提都是“巩固已有占领区，逐步实现‘以战养战’”，无论走哪条道路，日本都必须要在中日战争里占据绝对上风。基于这样的战争思想，日军逐渐地放弃攻打南京，对南京“围而不打，转攻为守”策略，节约出宝贵军力，打通津浦线，也就是攻占徐州重镇，发动徐州会战，拿下江苏省全境（除南京），如果进展顺利，日军还打算拿下比较容易拿下的安徽省、河南省等地，从而加强日军或跟中国耗下去的财力资本，或跟中国继续打的武力基础，或跟中国展开谈判的政治筹码。
一言概之，日军接下来的军事计划是：放弃打南京，把所剩不多的国力军力用于打徐州。实际上，日军此时也已经是强弩之末了，发动徐州会战是日军此时的回光返照，日军还剩下最后一口气用于打徐州，打完此战，无论胜败，日军都起码在两年内无法再发动大型会战了。
6月20日这天，一架运输机在四架战斗机保护下不显山不露水地飞到南京，从飞机上走下来一位“党国重臣”，是来找蒋纬国的。
“陈先生，请坐！”蒋纬国在办公室内单独迎接了特地从武汉赶来的侍从室第二处主任、最高国防委员会副秘书长陈布雷。
“二公子，半年多不见，愈发气宇轩昂了嘛！正是长江后浪推前浪，自古英雄出少年啊！委员长能有你这么了不得的儿子，我真为委员长高兴啊！”陈布雷笑容可掬。
“陈先生过奖了。”蒋纬国笑了笑，他意识到，陈布雷来到南京，肯定不是来看望他的。陈布雷号称“国民党第一支笔”“领袖文胆、总裁智囊”，是国民政府内和国民党内最深得蒋介石信任的文职高官之一。毋庸置疑，陈布雷来南京是蒋介石的意思