就在多尔衮招见洪承畴的当天,远在数千里之外的杭州,商毅也招集自己集团各部门的主要付责人，招开会议，讨论浙江集团下一步的发展方向。
首先要确定的，是自己集团下一步的路线，是继续以军事扩张为主，还是以恢复发展为主。在这一点上，大多数人都认为，应该暂时停止军事进攻，先恢复一段时间再说。
这一点商毅从原则上来说，也是同意，商家军的战斗力虽然强，但毕竟自己现在只有浙江一个省、山东、江苏的部份地区，基础毕竟不厚，也难以再扩大战争。因为打仗不仅仅是动用军队，同时还需要征调大量的民役，这次收复南京的战斗，投入的军队在十五万左右，而前后征调的民役却超过了四十万，而这些民役都是主要的社会生产力，被征调参战必然会影响到社会生产。虽然现在商毅还有大量的库存白银，但白银毕竟只是一种货币媒介，不能当饭吃，如果社会生产跟不上去，一样没有用。
因此先停止战争，把新占领的地区稳固下去，恢复农业生产，发展经济，积累再丰富一些，然后再进一步扩张，也符合现在的情况。而商毅也把恢复发展的时间，定在三年左右，按照现在的自己积累的行政经验、资源和经济条件，三年左右的时间，完全能够稳固住占领的地方，并且积攒下足够的物资，然后再向清廷发动进攻。
从现在的外部情况来说，南方的三个南明朝廷基本都是不思进取的货，而且只要是稍一稳定下来，首先开始的是内斗而不是对外，也不足以对自己构成什么危胁；而北方的清廷经过了这一次惨败之后，至少在五年以内，难以再对南方发动大规模的军事进攻，这也给自己提供了一段难得的停战发展时间。
当然商毅也知道，对清廷来说，也同样需要时间来恢复，双方实际上就是在比谁恢复得便快一些，更早的作好发动下一次战争的准备。不过在这方面，商毅到是有充份的信心，虽然自己最终占领的地区，可能还不到清廷的一半左右，但都是经济发达，物产丰富的地区，而且各方面的基础也比清廷要好得多，因此发展速度绝对会比清廷快，完全可以比清廷抢先一步做好战争的准备。
但恢复发展并不等于完全停止战争，首先是江北的湖北、淮南还没有取过来，无论是个战略还是经济发展的需求，这两个地区都是商毅志在必得，因此要不惜一切代价将这两个地区夺取过来。而且即使是把目前所有的自标都实现以后，在局部地区，如果出现了比较好的时机，仍然也不要放过机会，坚决出击。一方面是可以逐步扩大自己的占领地区，另一方面也是给清廷制造一些麻烦，不让他们这么轻轻松松的恢复发展。不过战争的规模尽可能的控制在一定的范围以内，在这方面由**部来根据俱体情况来决定。
另外就是如果清廷或都是南明的势力，主动向商毅发动进攻，这种情况也不是不可能发生的，那么也就讲说不起，当然是尽全力奋起迎战了。
众官们也都同时商毅的意见，毕竟现在还是乱世期，并不是从容恢复发展，休养生息的时候，应打的时候，还是要打。
这一点通过之后，接着就是确定占领地区的行政组织结构。现在商毅的占领区大体是分两块，就是以浙江为核心，包括江苏部份和台湾、另一块就山东地区。而在行政组织结构，除了山东地区以外，其余的地方都没有省级行政，最高只到了府一级，然后由杭州行政部来统一管理。
但现在商毅实际己经占领了三个完整的省，如果实现了收复南京的后续目标，将基本占领六个省，加上山东和台湾，实际有上八个省，因此府一级的行政单位显然是不能适应现在的情况，必须建立省一级行政单位。
在中国古代，自宋代开始，由于吸取唐代藩镇割据的教训，害怕地方势力扩大，因此不在设立正式的地方省级行政单位，但为了便于地方的管理，在必要的时候，由中央临时派出官员，统管一省或数省之地，宋元时期的这种省级官员称为安抚使或宣抚使，而在明清时，则是巡府或是总督，实际就是变相的省长。
但这种官职设立的随意性仍然很大，虽然到了明中后期，各省巡府，己经成了常设职务。但从理论上说，仍然属于临时性的官职，而且官员的任职时间，地点也不固定，因此不利于地方行政的延续。同时就是巡府的设置，也不稳定，有的大省会分割出二到三名巡抚来。
因此商毅也决定，釆用后世行政区域的划分方式，依次分为：省、直辖市——市（分省会市和地级市两种）——县——乡、镇四级。而在乡、镇以下，还设村一级单位。
现在自己占领的地区，分为山东、湖南、江西、浙江四个省，南京一个直辖市，台湾暂时划规浙江省管理，而各级行政长官、行政机构的名称也沿用后世的习惯，省称省长，行政机构称为省政府，市称市长，行政机构称为市政府等。但村级单位叫村委会，建立了人民公社的村，则和为公社委员会。各级行政长官都由杭州行政部指派，不过村级由本村自行选举村委会或公社委员会。
对于商毅制定的这些行政机构，众人也沒有多大的异议，其实也就是名称区别，所谓省长、市长，也无非就是巡抚、知府换个马甲罢了。因为毕竟商毅现在还没有正式扯旗自立，还不方便使用原来的官职名