第二年，已经三十二岁的李舜臣再次参加科举，总算过关。其实这高丽的武举和大明的武举一样，不仅不被士人们看起（那个熊廷弼先是考中武举，结果遭到耻笑，于是一发奋又去考科举，居然也考中了，结果成了大明独一无二的“文武双举人”），也一直不被朝廷所重视，录取的比例相当高，基本就是给纨绔子弟们批发文凭，而李舜臣居然要等到中年了，还需两次才能通过武举，足见他的窝囊。
武举之人因为不受重视，自然也得不到重用，都是弄去当低级军官，当然如果家里有权有势的自当别论。很可惜，李舜臣家是属于有点钱有点势，却又完全上不得台面的那种，于是他就被分配到最偏远，也最危险的咸镜道去与野蛮的女真人打交道去了。
李舜臣在那里一呆就是十五年，大的功劳没有，小的苦劳不少，甚至还屡次被女真人打得狼狈不堪，结果升迁无望。不过他打仗的本事倒还是真正的学了不少，毕竟这里不是家乡，惹了事有老爸来擦屁股，女真人可是要凶狠的报复转来的，稍有不慎，也不是屁股挨老爸板子的问题，而是掉脑袋的问题了。十五年的艰苦征战岁月，足以把一个纨绔变成了一个饱经风霜的真正男子汉，他后来的军事才干，都是在这段时间淬炼出来的，水军虽然与陆军不同，但掌军之法确实相通的。
但李舜臣还是保留着当初纨绔的桀骜脾气，于是跟领导和同事的关系都处不好，可以说把能得罪的人都得罪光了，按他的资历，早该得到升迁了。但直到1591年，倭寇入侵的前一年，四十七岁的李舜臣，眼看没几年就要退役了，才混到了一个七品县监的官位，而这种级别的官职，科道出生的正牌举子，出仕的第一年就会得到。当然这也有高丽“重文轻武”的传统因素在里面。
但这年，他遇到了贵人，居然和“南人党”党魁，体查使柳成龙搭上了线。这柳成龙也不知是怎么想的，一下子把李舜臣看对了眼，举荐他去了全罗道，两年之内就把他破格提拔当了全罗道的水军左使，相当于从陆军团长一下子连升sān_jí，坐上火箭去跨行当了海军四大舰队之一的南海舰队司令。
其实当时的柳成龙以倭寇即将入侵为由，大肆举荐将领和官员调去南方，他总共举荐了四十多名将领和官员，这些人都有两个特征，一是在北方与女真人打过交道，有一定的义务能力；二则都在向“南党”、向他柳某人积极靠拢，政治上比较可靠。申砬、权栗、李舜臣等人都是走了柳成龙的门路，得到了破格的提升和任用。而柳成龙则通过这般操作，把“南党”党羽遍布高丽南方，使得南方成为了“南党”的铁通江山。
而全罗道巡察使李洸也是个大心脏，居然就把左路水军全部交给了没有任何海战经验的李舜臣，也许在柳成龙和李洸看来，这水军跟陆军是一码事，是个人都可以去指挥。还好，这次他们蒙对了，这个混不动官场的李舜臣却是一条真正的海上蛟龙。
不知道是谁教李舜臣学习海战的，历史上也没有任何记载，倒是记载了他二十二岁才开始学武，还记载了他读过《吴子》、《孙子》，但这两本书是武举的必修课，凡参加武举的都要考，甚至连文人没事干了也会拿来读，而且这两本军事哲学著作里面也没有关于海战的一字半句。唯一的可能就是，李舜臣是天生的海战将才，他这辈子是为海战而生，最后也为海战而死（露梁大战之后，再无海战可打，自然他就可以走了）。
李舜臣接掌全罗道左路水军之后，整饬军纪，修缮战船，并加紧操练官兵，很快让全罗道左水军的战斗力提升了一个档次。同时他见高丽军士白刃战能力实在堪忧，就把仓库里放了几十年的一艘腐烂得快要散架的龟船弄了出来，让工匠们参照着又造出几艘。其实这龟船并非李舜臣首创，百年前高丽水军就用龟船和倭寇在打仗了，只不过因为龟船只能发射火炮、火铳和火箭，无法进行跳帮战和扔火罐，就只能击伤敌船，不能俘获和彻底焚毁敌船，高丽水军逐渐也就不怎么用它了。李舜臣其实也没把龟船当主力战船，只是用来冲击敌舰队，打破敌舰队阵型。
同样龟船也不是后世宣扬的所谓“最早的铁甲舰”，而是全木头的，那时高丽每年的钢铁产量，连一艘铁甲龟船也造不起，历史上的龟船就连表面上也没覆盖铁皮。反倒是倭军的主力战船“安宅船”，木头外壳的外面倒是真的覆盖了一些铁皮，这才真正是铁甲舰的始祖，也只有统一了全倭国的丰臣秀吉才有如此手笔。
同时龟船在战斗中的作用也并非后来鼓吹的那么厉害，此时东亚的海战，还是以跳帮白刃战和扔燃烧灌烧船为主，单靠威力不怎么样的火炮、火枪、