1940年10月下旬，中共中央决定将皖南新四军部队转移到长江以北地区，以局部的让步来争取中间派的同情，缓和国民党顽固派的攻势，使自己站在有利的位置，迎接国民党顽固派发动的第二次反共高潮。
中共中央在给项英等人的指示中，只是从原则上和大的方向上对皖南新四军的北移作了规定，至于新四军是从繁昌、铜陵间渡江到无为地区，或先移苏南，再移苏北，都没有指定具体的北移路线，为的是给皖南新四军的领导人以自主权和临机处置权，以便他们能够根据实际情况和敌情变化决定部队的行止。当时，可供皖南新四军选择的北移路线有三条：
第一条是经繁昌、铜陵地区渡江到无为的路线。这条路线是沟通皖南新四军军部和江北部队之间联系的交通线，1938年11月，新四军参谋长张云逸率军部特务营渡江至皖东就是走的这条路线。从新四军军部进驻皖南开始，军部通过这条路线向江北部队输送了许多干部和物资。叶挺军长于1939年5月到江北视察，走的也是这条路线。这条路线的优点是路程较短，群众基础较好，沿途所经地区为新四军第三支队和江北无为游击纵队的活动地区；缺点是需要经过五十余华里的敌占水网地带，还得穿越长江敌伪封锁线，不利于大部队的行动。
第二条路线是由云岭向东经马头镇、杨柳铺、孙家埠、毕家桥、郎溪至竹箦桥、水西地区（苏南指挥部所在地），再经苏南敌占区北渡长江。这条路线是皖南军部与苏南部队经常来往的一条路线。这条路线有利的方面是：路程也较短，沿途设有许多兵站，群众基础较好，同时苏南我军可以接应。不利的方面是，需要经过国民党军108师的防地，国民党方面只同意我非武装人员据此线北移，而不同意我战斗部队沿此线北移。1940年12月初，皖南新四军后勤机关人员一千七百余人即循此线辗转北移经苏南到苏北地区。
第三条是由军部驻地云岭南下茂林、三溪入旌德、宁国转广德、郎溪到溧阳渡江再到苏北的路线。这条路线大致上就是后来皖南新四军移动的路线。这条路线群众工作基础薄弱，路程也比较远，又是向国民党的后方和重兵扼守的方向行动，在政治上、军事上对我都很不利。但在国民党同意我皖南新四军部队沿此路线北移以及国民党顽固派尚未完成对我进行围歼部署的情况下，只要我军行动迅速、坚决，由此路线胜利北移也是完全可能的。
开始，皖南新四军是准备按往东和往北两条路线转移的。1940年11月27日，叶挺、项英致电毛泽东、朱德：经我们多方研究与考虑，由苏南北移路线，途中困难多，危险性较大，反不如由三支地区兼程北移皖北较利（仅有一道封锁与长江），既时间经济，又直接增援皖东。因此，我们决心将大批工作人员即刻化装过封锁与部分资材先经苏南至苏北，同时以迷惑各方，再以突击方式，将部队由现地区突过长江至皖北。11月29日，中共中央复电项英：同意直接移皖东，分批渡江，一部分资材经苏南。同日，叶挺、项英致电毛泽东、朱德并周恩来、叶剑英：我明天开始设兵站，由泾县至竹箦桥与二支队联络，即运动资材及工作人员。同时表示我们决心目前公开走苏南，兵力留后结集，大部密渡皖北，一切完毕仍在年底。中共中央很快就批准了这一行动方案，11月30日，毛泽东、朱德致电叶挺、项英：你们二十九日的布置很对……现在开始移动，十二月底移完不算太迟。在得到中共中央的同意后，从12月1日开始，项英、叶挺立即着手组织皖南部队非战斗人员约二千人以及大批器材，在顽军的严密监视下，分两批经指定路线进入苏南。
然而，当1940年12月3日，我军开始陆续出发，军部所属各部门人员和行李先行，军部机关及一部分部队，也于11日集中，待命出发。讵料顾祝同突然命令我军改道，不准经苏南敌后北渡，只准从繁昌、铜陵渡江。顾祝同之所以突然命令我军改道，是因为此时华中总指挥部发动了曹甸战役。由于害怕皖南新四军从苏南过江与苏北新四军汇合后力量更加强大，对国民党江苏省主席韩德勤部构成更大的威胁，蒋介石在12月10日，密令顾祝同强令皖南新四军改道北移。蒋介石在：（一）查苏北匪伪（指陈毅、粟裕部）不断进攻韩部（指苏北韩德勤），为使该军江南部队，不致参加对韩部之攻击，应不准其由镇江北渡，只准其由江南原地北渡或由该长官另予以规定路线亦可。（二）该战区对江南匪部，应按照前定计划，妥为部署，并准备如发现江北匪伪竟敢进攻兴化或至限期（本年十二月卅一日止）该军仍不遵命北渡，应立即将其解决，勿再宽容。
1940年12月中旬，顾祝同秉承蒋介石的旨意，改变原来的承诺，强令皖南新四军改道铜（陵）、繁（昌）间北渡。1941年1月3日，蒋介石致电叶挺，指定新四军的北移路线是：（一）该军应在无为附近地区集结，尔后沿巢县、定远、怀远、涡河以东雎州之线，北渡黄河，遵照前令进入指定地区，沿途已令各军掩护。（二）所请补给，俟到达指定地点，即行核发。在此期间，国民党桂系李品仙部三个师开入皖东地区，扣留交通器材，占领渡口，封锁了我军经繁、铜北渡长江到无为地区的道路。同时国民党重庆电台十分险恶地广播了皖南