嘉靖三十六年（1557年）十月，大明直浙总督胡宗宪为彻底解决东南“倭乱”，派遣心腹蒋洲远赴倭国平户，通过王直的义子毛海峰与王直搭上了线，提出招降王直。王直接受了胡宗宪招降，随后和毛海峰一起，率领自己的船队和大友家的朝贡船队，从倭国五岛出发前往浙江岑港。
由于船队规模太大，被大明水军阻于舟山，接着事情发生了突变，蒋洲居然被浙江巡抚王固本派人抓起来了，而胡宗宪却无能为力。毛海峰见事情有变，劝王直不要登陆，但王直不顾毛海峰的苦苦劝说，执意孤身上岸，来到定海向胡宗宪归降。
次年二月，王直到杭州谒巡按王本固，却被王固本诱捕。他在狱中向嘉靖皇帝上《自明疏》，恳请朝廷放开海禁，允许沿海开放通商口岸，设立海关收取关税，并承诺率领所部为朝廷效力，平定海疆。是时，他已拥有战船逾千，水手数万，几乎完全控制了北到倭国、南至南洋的广袤海域，远比后来大明招降的郑芝龙势力强大得多。
但是王直此举却触犯了大明东南士绅集团的切身利益，大明实行的海禁之策，实际上只是禁止了朝廷和百姓从事海外贸易，却禁止不了士绅们从事海贸，相反他们还能通过海禁，牢牢的垄断住大明的海外贸易，一旦放开海禁，他们的垄断地位和垄断利润自然没有了，而这个利润却是非常惊人的。
当时正值全球殖民扩张和全球贸易的大爆发期，西方各国通过掠夺非洲、南北美洲和印度，获取了天文数字般的金银财富，而这些金银却又源源不断的运到东方，换取香料、茶叶、丝绸和瓷器，而后三样正是中国把持了一千多年的三大拳头贸易产品。据后世粗略估计，年间，仅仅是美洲产出的白银，总共就有12620吨流入了中国，相当于3亿3653万多两白银，占了美洲产银的大半。同期还从产银大国倭国流入中国1亿7000万两，这又占了倭国绝大部分的产银。这5亿两白银，还没算上从非洲、欧洲、印度流入的黄金和白银。
更厉害的是，当时大明几乎是纯出口国，国内所需基本自给自足，洋人们只能贩卖少量的奢侈品、钟表和武器，这些东西根本就无法抵消庞大的贸易逆差。而且中国的三大产品，生产成本极低，茶叶是种出来的树，丝绸是养出来的虫，瓷器是烧出来的土，然而它们的售价却极高，这中间的利润，简直无法想象。可以说西方殖民者满世界的杀人放火抢东西，最后却都是在为中国人打工，中国人并没有加入大航海世纪，但通过这三样商品却坐享了大航海的红利。
但中国那时却很不幸，正好处于王朝的衰落期，中央政府的控制力大大下降，这些流入中国的金银，一没有流进国库，二没有流进老百姓的口袋，而是几乎全都流进了东南士绅们的腰包，并没有对国家社会的发展，以及改善民众的民生带来多大的裨益，只是助长了权贵阶级的奢靡之风，另外就是造就了江浙一带的畸形城市繁荣，也就是后世那些弱智的历史书鼓吹的所谓“资本主义萌芽”。实际上根本就没有资本主义，有的只是权贵垄断经济。
大明终其一朝，都没能从士绅们手中夺回海贸之利，这也是大明最后财政崩溃的重要原因。后来的满清对此也是非常清楚，他们最后是用屠刀终结了东南士绅对海贸的垄断，多次在江浙的大屠杀，再加上“明史案”、“文字狱”、“哭庙案”等等，其实都是针对东南士绅集团的。满清最后把海贸干脆划归皇室垄断，在广州搞了个“十三行”，专替皇室经营海贸，从而获取了巨大的利润，一举解决了困扰明朝几百年的财政难题。太平天国战争期间，东南江浙一带被打得稀烂，漕运断绝了，全国各地也是叛乱四起，使得国内的税收几乎全面崩溃，但满清仍然能挺过来，它当时唯一的大项收入，正是关税，靠着海关的关税才没像大明一样，因为国家财政破产而完蛋。
如此巨大的利润，东南士绅们怎能轻易罢手，而为了保持垄断地位，他们利用其雄厚的财力，通过把持科举进而来控制大明的官场（后来他们还扶持出著名的东林党），使得朝廷根本就不可能放开海禁，后来为了平息倭乱而实行的“隆庆开海”，也只是局限于月港一地。现在王直大呼要朝廷放开海禁，这摆明了就是要剥夺士绅们的垄断特权，即便王直与他们有着千丝万缕的利益纠葛，他们也不能容忍，做掉王直，再换个海商来和他们交易，也并非什么难事。
于是东南的官绅们群起而攻，欲置王直于死地。胡宗宪企图遮护王直，立即也被弹劾，说他收了王直的贿赂，连胡宗宪的靠山，掌握朝政的严嵩父子也知道不能触碰东南士绅们的底限，指示胡宗宪退避。据说嘉靖皇帝看了王直的《自明疏》，只是叹了口气，就将其留中了。
嘉靖三十八年（1559年）十二月二十五，王直被斩于杭州，临刑前叹道：“死吾一人，恐苦两浙百姓”。后来他家也被查抄，全家被流放琼岛（海南岛）。后来王直的预言成真了，东南的百姓随即陷入到水深火热之中，但东南士绅们的利益却保住了，至于百姓的死活，管他们何事？
杀了一个一心想投效朝廷的海商，东南官绅们弹冠相庆，自觉除了一个大害，随后明军水师突然围攻舟山的毛海峰和大友家的船队，结果根本就不是毛海峰舰队的对手。毛海峰击溃明军水